当地政府对测绘资质不认可怎么办

对测量的结果有权提出异议，按你说的情况可以向政府上级部门反映情况，或向法院通过诉讼的方式进行维权。

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测绘资质等级认定是国家测绘地理信息局主管下的资质认定，该认定属于行政审批的范畴。凡是从事测绘相关业务的企业，应当取得该资质的认定，否则不得从事该领域的经营活动。

土方工程，甲方对施工方与监理测量的数据不认可，自己找测绘单位测绘图，作为结算依据，合理吗？为什么？

不合理，所有工程量必须甲乙双方共同认可。第三方算的量比你们自己算的少了好多吧？

没有测绘资质的人可以进行无人机测绘工作吗？

没有测绘资质的商业测绘活动是不被允许的。

关于无人机测绘的规定：

根据陕西省测绘局《关于转发《关于进一步做好无人飞行器航摄测绘资质审查有关工作的通知》的通知》（陕测法〔2011〕3号）精神，……，2012年1月1日起，对未申请无人飞行器测绘航空摄影资质但仍从事无人飞行器航空摄影的单位，将依法予以查处。

根据《中华人民共和国测绘法》第二十二条、二十四条的规定，从事测绘活动的单位应当依法取得相应等级和业务范围的测绘资质证书，且不得将测绘活动授权或委托给无测绘资质单位承担。否则，应当根据《中华人民共和国测绘法》第四十二条、四十三条的规定予以相应处罚。